据记载，在宴会期间，松并已经察觉到南京发生了什么可怕的事情。当天晚上他召开参谋会议，并命令所有不必要的部队都调到城外。第二天西方新闻媒体报道说，日军约定对松井保密，不让他知道南京暴行的全部真相。

当松井开始了解到城里发生的强奸、杀人和抢劫的巨大规模时，他的心情极为阴郁。1937年12月18日，他告诉他的一个文职助手：“现在我认识到，我们己在无意中给这个城市造成了最深刻的痛苦与创伤。当我想到我的那些已经逃离南京的中国朋友的感情和心情以及两国的未来时，我只能感到沮丧。我觉得很孤独，而且永远也不会有心思为这次胜利而感到高兴了。”甚至在当天早上对新闻界发表的声明中，松井也流露出一丝这种遗憾的情绪：“对民众遭受的苦难我本人甚为痛惜，但本军队决然继续挺进，直到中国悔悟为止。现在正值冬季，这个季节提供了反省的时间。本人对一百万无辜的民众不胜同情。”

当天晚些时候，当这位日军指挥官为这场侵华战争中死去的日本士兵举行埋葬仪式（日本人称“慰灵祭”——译注）时，松井为该城发生的肆无忌惮的疯狂暴行谴责了300名军官、师团指挥官和其他人。日本记者松本写道：“以前从未有过一个上级对其下级给以如此严厉的斥责。军方对松井的行为感到奇怪，因为在这些军官中有一位皇族的太子。”

星期六，即12月19日，松井搬到南京城外朝香宫的司令部，第二天便乘驱逐舰回了上海。但或许是被绝望所驱使，他一到上海就作出了一个甚至更令人吃惊的举动：他对《纽约时报》吐露了他的担心，甚至告诉一个美国记者“日本军队可能是今天世界上最无纪律的军队”。当月他还给朝香宫的参谋长发出一封不客气的信件。“谣传说不法行为仍在继续”，他写道，“正因为朝香宫是我们的司令官，就必须更严格地遵守军纪和道义。任何违法乱纪者都应严惩不贷。”

元旦那天，松井仍然因日本士兵在南京的行为而情绪烦乱。在祝酒时他对一个日本外交官透露：“我的部下干了一些非常错误的事，我深感遗憾。”

但是强奸仍在继续，屠杀也在进行。松井对此似乎无能为力。如果人们能相信许多年以后松井讲述的这个故事：他对南京的短暂访问甚至使他流下了眼泪。“慰灵祭仪式结束后，我马上召集高级军官并当着他们的面流下了愤怒的眼泪”，在1948年被处以纹刑前，松井告诉他的佛教忏悔法师，“朝香宫和柳川将军……都在场。我对他们说，在士兵犯下累累兽行的那一刻，一切事情都已成泡影。但是你能想象吗？那些士兵事后竟还嘲笑我。”

慰安妇：南京的遗留物

发生在南京的大规模强奸的一个最离奇的结果是日本政府对来自西方国家的大量抗议的反应。日本统帅部不是去镇压或惩罚这些肇事的士兵，而是制定计划建立一个巨大的地下军妓组织——这个组织将把整个亚洲的成千上万的妇女纳入它的大网之中。“日本华中派遣军发布命令，在这段时间内修建慰安房”，日本中央大学的著名历史教授吉见义明评论道：“在上海和南京的战斗期间发生大规模强奸事件后，日本害怕来自中国、美国和欧洲的指责。”

这个计划很直接了当。诱拐、购买或绑架8万到20万妇女——他们中的大多数来自日本的殖民地朝鲜，但也有的来自中国、台渭省、菲律宾和印度尼西亚——日本军方希望用这个办法减少随意强奸当地妇女的事件（以便消除国际社会谴责的机会），通过使用避孕套遏制性病传播，酬劳在前线长期作战的士兵，当然，当后来全世界都了解了这个计划的时候，日本政府拒绝承担责任，战后几十年来，他们一直坚持咬定是私人承包商而不是帝国政府在经营这些战时军队妓院。但1991年，吉见义明从日军国防档案馆里发现了一份标题是“关于为军队妓院招募妇女”的文件。这个文件印有日本统帅部首脑的私人图章，并命令立即修建“性慰安设施”，以阻止军队强奸日军占领区的中国妇女。

1938年第一家正式注册的慰安房在南京附近开业。用“慰安”一词来指这些妇女或是这些妇女居住的“房屋”是很荒唐的，因为它使人想象出游乐胜地的景象：漂亮的艺妓弹着琶琶，给男人洗澡按摩推拿。事实上这些妓院的条件之污浊超出了大多数文明人的想象。无数妇女（日本人叫她们“公共厕所”）在得知她们自己的命运后自杀了；一些人死于疾病或遭残害，那些活下来的人终生蒙受耻辱和孤独、不孕或体弱。因为大多数受害者来自对妇女的贞操理想化的文化圈，即使那些活着的人，她们的大多数在战后直到最后也不肯讲述她们的经历，因为担心面临更多的耻辱和嘲笑。亚洲的儒教——特别是朝鲜的儒教——把女性的贞节看得比生命更重要，而且永远认为，任何妇女在经过了如此屈辱的经历后不去自杀面仍然能够活下来，是她自己对社会的侮辱。因此半个世纪以来，只有极个别的慰安妇鼓起勇气打破了沉默，并要求日本政府对她们的遭遇提供经济补偿。