记者席的左边，升高的台子上，坐着来自11个同盟国的法官，记者席的右边是被告，观众坐在楼厅上，律师、助手和职员站在下面。每个人都戴着耳机，因为诉讼程序以英语和日语两种语言进行。

“在远东国际军事法庭上，有1，000个美莱出现”，阿诺德·布雷克曼在他的著作《另一个纽伦堡：东京战争罪行审判未曾讲过的故事》中写道。在审讯期间，日本人席卷亚洲所作所为的成千上万骇人听闻的细节，通过大量的新闻报道、调查报告、统计资料和证人证词呈现出来。远东国际军事法庭不仅建立了南京大屠杀的永久性口述历史记录，而且证明了南京大屠杀仅仅是日本人在战争期间全部暴行的一小部分。检察当局发现，其中有日本人在其俘虏身上做医学试验，使重病和饥饿的囚犯因精疲力竭倒地死去的行军，修筑暹缅死亡铁路的残酷条件，把水或煤油灌进受害者的口鼻直到其肠子破裂的“水疗法”，悬吊俘虏的腕、臂或腿直至其关节完全脱臼，强迫受害人跪在利器上，令人痛苦之极的拔指甲，电击折磨，强迫妇女裸身坐在炭炉上，每一种可以想象到的殴打鞭笞形式，甚至活体解剖和吃人肉。后来认定，日本人对待战俘之残暴甚至超过纳粹。纳粹囚禁的美国战俘25人中仅死一人，相比之下，日本人囚禁的三人中就有一人死亡。

南京的暴行--也许是远东国际军事法庭最重要的事件--是作为整个战争时期日军行为的一个象征。合众社一名采访远东国际军事法庭的年轻记者布莱克曼指出：“南京的暴行不是所有战争都普遍发生的一种独立的事件。它是蓄意的，是政策。东京对此是知道的。因此，它是全世界传媒的头版新闻。这就是远东国际军事法庭的全部内容。”在审讯中出示的证据压倒了日方的辩护。国际安全区委员会的一些成员也飞到东京，宣读他们的日记，展示他们自己的研究发现，回答有关南京暴行的提问。

远东国际军事法庭的裁决毫不含糊地痛斥日本人在南京犯下的罪行，用一名观察者的话说，日本兵“就像一帮野蛮人被放了出来亵渎了这座城市"。法庭还作出结论，日本政府很清楚在南京的种种暴行。罪行毕竟是明明白白地在大使馆眼前发生的。国际委员会曾经每天都拜访日本驻外办事处和日本大使馆的代表报告当时的形势，在头6个星期甚至一天提两次抗议。美国驻东京大使的约瑟夫·格鲁个人会见日本的高层官员，包括广田弘毅，通知他日军的暴行。此外，1937年和1938年驻华的日本无任所公使伊藤也向广田呈交有关日军在华暴行的报告。

对南京暴行最强烈的谴责是针对松井石根的。作为当时日本华中远征军的指挥官，松井是最明显的目标：在侵占南京之前一个月，松井曾夸耀他的任务是“惩罚南京政府和无礼的中国人。”1937年12月17日，松井以极隆重的庆祝仪式进入该城，骑在红棕色的马上，接受士兵的欢呼。不过，历史学家曾提出，松井有可能做了南京暴行的替罪羊。松井患有肺结核，病体赢弱，在城陷之时他甚至不在南京。

由于这个问题缺少文献，松井对南京罪行的责任仍然是需要进一步研究和争辩的课题。然而，证据表明，这个患结核病的将军对整个事件感到罪责难逃，无疑是因为在朝香宫指挥之后，他未能维持日军的纪律。为了弥补在南京犯下的罪行，松井在离东京约50公里的海滨胜地，他的家乡热海的一座小山上树立了一座表示痛悔的神龛。从长江岸边运去的几袋泥土和日本当地的泥土混和在一起，经过雕刻、烧焙、上釉，制成--佛教仁慈悲女神观音像。松井一家请来尼姑在佛像前念经，哀悼中国的战争亡灵。

然而，自我鞭挞的公开表演是一回事，愿意为枉死的人讨回公道则完全是另一回事。直至今日，松井在远东国际军事法庭上的行为仍然令人费解。在证词陈述中，他没有揭示在南京所发生的全部真相，这陈述原本是会牵连到皇室的。相反地，他一派胡言，不是撒谎就是偶尔自我谴责一下。他试图为南京的暴行找借口，有时完全否认它们，并用他那关于佛教和中日亲善本质的拐弯抹角、含糊神秘的论述来激怒检察当局。他没有一次指责天皇。相反地，他自责没有适当地指向朝香宫亲王和天皇，而他还告诉公诉人，为他们去死是他的义务。他说，“我乐意以这种方式结束”，“我确实渴望随时去死”。

他的愿望实现了。法庭作出结论，南京的暴行"不是经秘密命令的，就是故意之所为”，并判处松井死刑。他不是唯一的一个；总共是7个日本甲级战犯，包括日本外相广田弘毅，他被远东国际军事法庭判决有罪，后来在东京巢鸭监狱被绞死。

不幸的是，南京暴行的许多主要的罪犯--或那些原可以用其皇家权威制止强暴的人--一天也没有出过庭。