寨内炮反击，炮石如雨点般落下。谭拔萃率领一批壮士，竖起三座梯子，攀爬而上，几次前仆后继。军功张俊肉搏先登，后继者涌入，攻破该寨，斩杀王红连和一千多名**。刘锦棠和金运昌所部伤亡几百人。
金积堡的回匪从河西的通昌堡和通贵堡取粮，必须绕道东南面的郭家寨，此寨位于吴忠堡的正南方。
16日，刘锦棠、金运昌两部攻克郭家寨，又于7月19日攻破东北面的一座堡寨。左宗棠令雷正绾和黄鼎再次整理部队，向北攻取峡口。两部从固原进兵，以马家河湾为要隘，韦州堡为间道。
其间已经安抚的**领，暗中接受马化龙的封号。左宗棠设计，将马家河湾的**马忠海召到平凉议事，而派冯桂增率一千五百人火出击，包围五座堡寨，将图谋造反的回匪全部捕杀，并缴获回匪抢夺的清军军装和旗帜，搜到与马化龙相通的造反书信，然后斩杀马忠海，平定他的领地。同时，令丁贤所部佯装从韦州堡进兵。
回苏兆明先前在堡内藏匿了几百名金积堡的回匪，听说清军开到，立刻令这支部队出堡逃走。丁贤率一百人进入堡中，苏兆明率部参见丁贤，被丁贤捕杀。所部接受安抚。雷正绾和黄鼎便率领各部北进。
左宗棠肃清了中路，几千名陕西回匪先后解散受抚。当月，李鸿章行到潼关，接到谕旨召他回京，商议处理天津民教纠纷案。清廷令左宗棠兼顾陕西辖境。
31日，刘锦棠所部夺取蔡桥水口，攻破附近的两座堡寨，沿秦渠攻打王洪寨，未能攻克。金积堡的回匪据守蔡桥西堤，将两渠的水流往下赶，灌淹湘军。
8月8日，金运昌所部越堤修筑壁垒，回匪出动主力作战，大战一天，败退下去。1o日，金运昌部修成壁垒，决堤反灌回匪。马化龙下令筑堤抵御，傍靠马连渠修筑三座壁垒，以抵抗板桥的湘军。湘军分路攻击，力战之下，将壁垒攻克。
从此，金积堡与胡家堡、王洪堡、阳明堡都被湘军隔离，河西的粮路也已断绝。
这时，雷正绾和黄鼎所部已经攻克张恩堡，与徐文秀所部会师，进军牛头山。左宗棠增派陈广、冯南斌所部先从四百户渡河，扼守峡口北岸。雷正绾、黄鼎两部攻打峡口壁垒，金积堡派出主力增援。黄鼎所部在牛头山将回匪击退。峡口的回匪已无力抵抗，企图渡河西撤，被陈广所部阻击，又返回壁垒之中。清军各部乘机攻入，夺得五座壁垒，将回匪几乎全部歼灭。
清军夺得峡口以后，金积堡的回匪每天都来争夺，次次被清军击败。于是，回匪凭藉汉河地利，扼守古灵州。
徐占彪所部夜袭古灵州，回匪败退丁家堡。清军合兵进攻，战了三天，将丁家堡攻克。清军乘胜攻破汉渠附近的二十多座堡寨，逼近洪乐堡扎营，距金积堡西门只有十几里。马化龙派部队坚守老马家寨和丁家寨等各堡寨，又在石屹塔和田家桥增修壁垒，以护卫洪乐堡。在西北面，则依靠秦坝关向马家滩提供接济。
这时候，刘锦棠所部驻扎在东南方的李花桥，金运昌所部驻扎在正北方的蔡家桥，接连攻破桥西卡垒。但是，各部被洪乐堡与秦坝关所阻隔，无法互相援应。
9月7日，刘锦棠所部会同金运昌部进攻秦坝关，徐占彪所部也出兵石屹塔牵制回匪兵力。攻打一天，未能攻克。马化龙又在堡东增修壁垒。
8日，清军移兵将新增壁垒攻破，逼近东关修筑炮垒。所谓东关，是堡东向北延伸的市集，**聚居在此。关外有坚固的壁垒环绕，修筑了通向堡门的甬道。回匪络绎出兵增援。刘锦棠分兵阻击，深入筑垒，与回匪相持到深夜，打退援兵，然后将炮运来，开炮轰击。守军大乱，湘军乘势夺门而入，焚烧三千所庐舍，将关外的二十多道卡垒全部捣平，刘锦棠移师东关。这时，雷正绾和黄鼎两部也接连攻破老马家和石屹塔的各座寨堡，通过商议，决定分段开凿堑壕，形成长围，困死金积堡。
这月，大理以北各州县尽为清军占领，西南可以松一口气了；天津教案已经平息，而普法战事也进入结局了，法国兵败普鲁士，国王路易非斯被俘。左宗棠预料法国不会马上灭亡，认为应派使者调停普鲁士与法国的关系，为此上书总理各国事务衙门。
9月26日，黄鼎所部趁着马化龙求抚的机会，入据洪乐堡。湘军与淮军修筑濠垒，日夜与回匪搏战，指望中路各部弥合包围圈。
从1o月1日到5日，黄鼎、雷正绾、徐文秀等部攻下了洪乐堡附近的所有寨堡，集中兵力攻打秦坝关。两天后，余彦禄率领一千多名陕西回匪从堡寨西面突围而出，刘锦棠所部急起拦截。回匪趁清军刚刚攻破秦坝关的时机，突然袭击蜀军后背，奔向汉伯堡，向河西挺进。另一支回匪南奔预望城。
清军攻破秦坝关后，便形成了对金积堡地区的合围，惟有王洪堡、阳明堡、枣园堡和汉伯堡还近处濠外，对围攻部队构成威胁。
清军集中兵力攻打汉伯堡，被水阻挡，无法前进，便移师东北方，攻打枣园堡等三座寨堡，全部攻破。清军再次大举进攻汉伯堡，将沙装进袋子，填塞壕沟，起冲锋。二鼓时分，回匪在墙上凿洞，向外突围。清军四面出击，击杀六千人。
向南撤走的回匪于抵达半角城，又被驻军周绍濂部击败，在固原和西山又遭到魏光焘所部的打击。余部奔向会宁和静宁。左宗棠令李耀南和杨世俊所部赶到安定拦击。
这时候，中路清军已向金积堡进兵，从平凉到前线，连扎三十多座军营，按照里程设立转运局，运送装备、军火、粮饷、寒衣与棚帐。各营接力迎护。车驮和骆驼日夜在道路上行进，从平凉出，越过固原，直达灵州。
九百里道路上，布满悬崖沟壑，危险重重，绿林军和造反的**时出时没，还有回匪残部出其不意地杀来，运输队伍的辛劳和艰险，难以尽述。