乔巴以船医身份加入草帽海贼团，一行人和公主薇薇来到了阿拉巴斯坦平乱。虽然在他们赶到皇宫时，内战已经开始了，但最后的一场雨，使得薇薇可以向大家说明七武海之一沙鳄鱼克洛克达尔的阴谋，内战亦随之结束。其后薇薇（和跑得快）向鲁夫等人道别，就算脱离了海贼团但仍是伙伴之一。接着，新成员考古学家妮可?罗宾亦加入了草帽海贼团。

加雅篇（漫画：217－236话／动画：144－152话）

由于纪录指针异常地指向天空，他们来到加雅岛寻找关于“空岛”的线索。

空岛篇（漫画：237－302话／动画：153－195话）

乘着巨大海流，一行人来到了积帝云上的“白白海”。他们发现天空的居民并不像表面上的那样和平，空岛原住民与香狄亚之间纷争不断，而“神艾涅尔”却打算将空岛打落蓝海。鲁夫击败艾涅尔后，敲响巨大的黄金钟，并解开了岛民与香狄亚两个种族的心结，也终结了历经战争四百年的故事。

长环岛篇（漫画：303－321话／动画：207－226话）

草帽一行人离开空岛后，遇到狡猾的弗克西。他向鲁夫挑战davybackfight一系列的比赛，胜利者可以从败方得到一名成员，如果鲁夫输了，他就会失去所拥有的伙伴。事情结束后，草帽一行人突然失去冒险的记忆，只有罗宾没事。找回记忆后，他们又遇上了海军本部最高战力之一的上将青雉，而他的目的，就是要歼灭曾经从他手中逃走的罗宾。为了保护罗宾，一行人和这个可怕的强敌战斗，败得一蹋糊涂，最后却被放过一马

水之七都篇（漫画：322－374话／动画：227－263话）

为了寻找船匠伙伴和修理梅利号，一行人来到水之七都。但是在检查过后发现梅利号已经不能航行，鲁夫决定更换一艘新船。但是骗人布对此决定非常不满，与鲁夫决斗并且战败，然后离开了他们。之后，卡雷拉公司的老板兼水之七都的市长艾斯?巴古遭到袭击，而攻击艾斯巴古的人似乎就是罗宾！

司法岛篇（漫画：375－430话／动画：264－278,284－290,293－312话）

草帽海贼团、佛朗基家族、卡雷拉公司等人决定要去救回牺牲自己的罗宾和被抓走的佛朗基，一行人来到了世界政府的辖下的司法岛，展开与cp9的战斗，同时也揭露出世界政府的阴谋及以往的所作所为。

后篇（漫画：431－441话／动画：313－316,320－325话）

司法岛篇结束后，草帽一行人挥泪火葬梅利号，一行人回到水之七都。因为在司法岛的轰烈事迹，使得全船的人都遭到悬赏，草帽小子蒙其?d?鲁夫3亿贝里、海贼猎人罗罗亚?索隆1亿2千万贝里、小偷猫咪娜美1千6百万贝里、狙击王骗人布3千万贝里、黑脚香吉士7千7百万贝里、宠物多尼多尼?乔巴50贝里、恶魔之子妮可?罗宾8千万贝里、改造人佛朗基4千4百万贝里。及后佛朗基帮鲁夫他们建造了一艘新船“千阳号”，船匠佛朗基也正式加入了草帽海贼团。而罗宾亦打开了幼年的心结，成为草帽海贼团的真正伙伴。骗人布诚心道歉之后，也回到了草帽海贼团。

鬼魂岛篇（漫画：442－489话／动画：337－话）

草帽海贼团航行到魔鬼三角地带，在那里遇见了骷髅人布鲁克，就在他们和布鲁克对话时，船渐渐驶向幽灵船恐怖三桅帆船，然而居住在恐怖三桅帆船里的竟然是七武海月光?摩利亚，他会夺取别人的影子，并且建立僵尸军团，鲁夫一行人和僵尸及摩利亚展开了艰辛的战斗，更遇上了七武海暴君巴索罗缪?大熊。大熊听从世界政府的指令，抹杀所有目睹摩利亚被击败的目击者，面对强大的力量加上体力耗尽，全团均无能为力并处于劣势，最后大熊网开一面，放过他们一马。后来得知布鲁克和在双子峡遇到的大鲸鱼拉布有一段约定，然后布鲁克为了完成和拉布的约定，以音乐家身份加入草帽海贼团。

迪巴鲁篇（漫画：490－495话）

草帽海贼团朝鱼人岛出发，途中遇到人鱼凯美，她拜托他们从马库洛一家以及飞鱼骑士手中救出小八，而飞鱼骑士的领导者迪巴鲁竟然和香吉士悬赏单上的脸长得几乎一模一样。

香波地诸岛篇（漫画：496－513话）

得知鱼人岛位在海底10公里处，为了让千阳号能在海底航行，草帽海贼团、凯美、小八、帕帕古一行人来到香波地诸岛，目睹了世界贵族滥用权力的恶行，以及岛上奴隶制度盛行的丑恶行为，因小八被世界贵族－天龙人开枪射击，而鲁夫因愤怒而打伤天龙人，导致天龙人事件发生，而引发海军本部的三大最高战斗力之一的上将黄猿到来引发混战，后来全团船员更被突然出现的七武海暴君巴索罗缪?大熊的能力传送到别的地方去。而在同时，海军本部也正在召集所有“王下七武海”成员，准备要和白胡子海贼团战斗。

女儿岛篇（漫画514话－）

鲁夫被大熊传送到女人岛亚马逊?百合，而因他不知女人岛上不准男人靠近的规定而遭到追杀，而后更在那遇上了因为诅咒而拥有“石化”能力的女性七武海?人称“海贼女王”的波雅?汉考克，面对这个把自己人狠心石化的美艳暴君、目击此事却无动于衷的女人国子民、以及两位同样受诅咒的女王之妹，鲁夫展开了在女人岛的战斗。