至此之后，刘基不再得到朱元璋的信任，他虽明白自己地位不如前，但仍然坚持在朝中为官，为浙东集团撑台。但朱元璋不是那么好打发的。

洪武三年，朱元璋亲自下书给刘基，对他说了这样一番话，“你年纪这么老了，应该在家陪老婆孩子，何苦在这里陪着我呢”

这意思就是，我要炒你鱿鱼，走人吧。刘基只好回到了乡下。

这时，浙东集团的另一干将杨宪失去了刘基的帮助，很快被淮西派排挤，本人也性命不保，被胡惟庸找个借口杀掉了。

在这场斗争中，淮西集团最终大获全胜。

刘基明白，自己失败了，他现在唯一的愿望就是好好在家养老，度此一生。可是在这场斗争中，失败的人是要付出代价的。

胡惟庸成为了丞相，他没有放过刘基，指使手下状告刘基，此时刘基已经没有官位，还能告他什么呢，但所谓欲加之罪，何患无辞，实在是至理名言。刘基的罪状是占据了一块有王气的地。所谓王气实在是个说不清的东西，说有就有，说没有也没有，只看你的目的是什么。

于是朱元璋再次下诏处罚刘基，官都没了，还罚什么呢？朱元璋有办法，他扣除了刘基的退休金。

刘基陷入了绝望，但他的智慧又一次发挥了作用，他没有在原地等死，而是出人意料的回到了京城。